东京–一个喧哗与繁忙的城市，人事物以惊人的速度不断地穿梭着。 小樱，一名没什麽特别兴趣的高中生，平淡的度过每一天。
直到某天一只白狐狸出现在她眼前。像是被某种力量牵引，她不知不觉的跟随着狐狸。当她回过神时已来到了另一个世界，一个多样的日本穿越时空结合在一起的世界-JAPAN IN THE BOX。 突然、从小樱手中的电话里现出一丝光芒，樱花的精灵-SAKURA出现，她告诉小樱，她一直在等待着小樱很久，小樱将遇到的四位精灵，最后留下一句话之后消失不见了。「全部，都在你心中」SAKURA消失之后，满开的樱花竟然都散了、一瞬之间，变成一个一切都枯萎的世界。白狐狸再次出现、把一道护身符交给了樱，请她把符带在身上。小樱心慌的要紧，只好追随者白狐狸。
用妖艳的舞蹈接迎小樱的是管理春天的国家的精霊・小雅。 用美丽的歌声告诉小樱「只有你，可以让枯萎的樱树再次开花」仔细听心的声音，只要踏出一步，你期望的世界会展开再你的面前。春天的温暖的景色，在小樱的心里留下希望。 管理夏天的国家的精灵・巧克、用满面的笑容调皮的吧小樱拉到欢闹的祭典。巧克的天真烂漫的笑容，打开小樱的心房。在旅游海底龙宫的时候，小樱开始懂得从心底感受快乐，跟大家做好伙伴。 管理秋天的国家的精霊・小琳、通过心、技、 体看通这个世界的光芒和暗影的女剣士。 小樱心中的闇影变成忍者、攻击小樱的时候，小琳守护着她，同时让小樱学到勇敢的面对一切。小樱在小琳面前留下一个承诺，她不会再迷惑，她会相信自己，向前走。 最后小樱见到的是、管理冬天的国家的精霊・刹那。 小樱的心虽然已经开始向前看，但还是踏不出最后一步。 刹那让小樱看到充满白雪的大地，还有满天的星星。在这壮大的自然前，小樱发现自己其实只是一小部分。雪照亮了她的心，星星照亮了她走来的路，小樱回想着她遇到的四个精灵。
用那优美的歌声，使花儿们开边心头，春天的精灵-小雅 只要从心底笑得愉快就好！笑容灿烂到辉煌，夏天的精灵-巧克 不要再犹豫，只要相信自己就好。告诉我们这个真理的是，秋天的精灵-小琳 了解小樱，轻轻陪在她身边，冬天的精灵-刹那。 四个精灵和小樱的心越来越近，融合在一起。就在这个时刻，在JAPAN IN THE BOX遇到的第一个精灵-樱花的精灵・SAKURA出现在小樱的面前，当SAKURA和小樱变成一个人的时候，白狐狸跟最初的场面同样的出现，让小樱打开护身符的袋子。 袋子里装满了代表"结束等于开始"的即已发芽的种子。跟到今为止的迷惑告别，向未来踏出一步的人才能得到的种子。种子离开小樱的手心，飘向天空，幸福地发芽。
JAPAN IN THE BOX的春夏秋冬结束、下一个春天来到了。 轮到小樱让樱花盛开的时候了。满开的樱花代表着小雅的优美，巧克的天真烂漫，小琳的坚强，刹那的温柔，以及RAKURA的美丽，这颗樱花树，没有小樱无法盛开。听到沉睡在小樱心里的精灵" SAKURA的呼唤，以一幅全新的面貌，张开双翼，在满天的樱花中，飞向一个谁都还不知道的未来。 小樱的故事，现在，从这里开始。
