東京–一個喧嘩與繁忙的城市，人事物以驚人的速度不斷地穿梭著。 小櫻，一名沒什麼特別興趣的高中生，平淡的度過每一天。

直到某天一隻白狐狸出現在她眼前。像是被某種力量牽引，她不知不覺的跟隨著狐狸。當她回過神時已來到了另一個世界，一個多樣的日本穿越時空結合在一起的世界-JAPAN IN THE BOX。 突然、從小櫻手中的电话里現出一絲光芒，櫻花的精靈-SAKURA出現，她告訴小櫻，她一直在等待著小櫻很久，小櫻將遇到的四位精靈，最後留下一句話之後消失不見了。「全部，都在妳心中」SAKURA消失之後，滿開的櫻花竟然都散了、一瞬之間，變成一個一切都枯萎的世界。白狐狸再次出現、把一道護身符交給了櫻，請她把符帶在身上。小櫻心慌的要緊，只好追隨者白狐狸。

用妖豔的舞蹈接迎小櫻的是管理春天的国家的精霊・小雅。 用美麗的歌聲告訴小櫻「只有妳，可以讓枯萎的櫻樹再次開花」仔細聽心的聲音，只要踏出一步，妳期望的世界會展開再妳的面前。春天的溫暖的景色，在小櫻的心裡留下希望。 管理夏天的國家的精靈・巧克、用滿面的笑容調皮的吧小櫻拉到歡鬧的祭典。巧克的天真爛漫的笑容，打開小櫻的心房。在旅遊海底龍宮的時候，小櫻開始懂得從心底感受快樂，跟大家做好夥伴。 管理秋天的國家的精霊・小琳、通過心、技、 体看通這個世界的光芒和暗影的女剣士。 小櫻心中的闇影變成忍者、攻擊小櫻的時候，小琳守護著她，同時讓小櫻學到勇敢的面對一切。小櫻在小琳面前留下一個承諾，她不會再迷惑，她會相信自己，向前走。 最後小櫻見到的是、管理冬天的國家的精霊・剎那。 小櫻的心雖然已經開始向前看，但還是踏不出最後一步。剎那讓小櫻看到充滿白雪的大地，還有滿天的星星。在這壯大的自然前，小櫻發現自己其實只是一小部分。雪照亮了她的心，星星照亮了她走來的路，小櫻回想著她遇到的四個精靈。

用那优美的歌声，使花儿们开边心头，春天的精灵-小雅 只要从心底笑得愉快就好！笑容灿烂到辉煌，夏天的精灵-巧克 不要再犹豫，只要相信自己就好。。告诉我们这个真理的是，秋天的精灵-小琳 了解小樱，轻轻陪在她身边，冬天的精灵-刹那。 四个精灵和小樱的心越来越近，融合在一起。就在这个时刻，在JAPAN IN THE BOX遇到的第一个精灵-樱花的精灵・SAKURA出现在小樱的面前，当SAKURA和小樱变成一个人的时候，白狐狸跟最初的场面同样的出现，让小樱打开护身符的袋子。 袋子里装满了代表"结束等于开始"的即已发芽的种子。跟到今为止的迷惑告别，向未来踏出一步的人才能得到的种子。种子离开小樱的手心，飘向天空，幸福地发芽。

JAPAN IN THE BOX的春夏秋冬结束、下一个春天来到了。 轮到小樱让樱花盛开的时候了。满开的樱花代表着小雅的优美，巧克的天真烂漫，小琳的坚强，刹那的温柔，以及RAKURA的美丽，这颗樱花树，没有小樱无法盛开。听到沉睡在小樱心里的精灵" SAKURA的呼唤，以一幅全新的面貌，张开双翼，在满天的樱花中，飞向一个谁都还不知道的未来。 小樱的故事，现在，从这里开始。